CT特种部队3是一款经典的GBA合金弹头类游戏，作为三部曲的最终章，玩家可以选择两位特工角色，体验丰富的武器系统和激烈的战斗场面。游戏背景设定为一个科学家团队在基因研究领域失踪，被某个神秘组织绑架进行非法研究。CT特种部队接到命令，必须救出科学家并捣毁该组织。 游戏中，玩家操控特工使用有限的武器与装备精良的敌人周旋。每一关都有明确的主线任务，如摧毁目标、解除炸弹等，还有额外的支线任务供玩家选择完成以获得特殊奖励。并非所有敌人都需要消灭，特别是那些难以对付的目标，不必刻意追杀。每个场景都有独特的敌人和要素，小关开始时武器和弹药会重置，因此无需过于节省弹药，尤其是在面对S级武器时，更应充分利用其威力。游戏通过多样的任务和场景设计，提供了丰富的游戏体验。
